感染性心内膜炎的临床表现涉及全身多脏器，既多样化，又缺乏特异性，易与某些疾病相混淆而误诊，因此亚急性者应与急性风湿热、系统性红斑狼疮、左房黏液瘤、淋巴瘤腹腔内感染、结核病等鉴别。急性者应与金黄色葡萄球菌、淋球菌、肺炎球菌、革兰阴性杆菌、败血症鉴别。