急性感染性心内膜炎主要由金黄色葡萄球菌引起，少数由肺炎球菌、淋球菌、A族链球菌和流感杆菌等所致。亚急性者病原体主要为草绿色链球菌，其次为D族链球菌，也可由表皮葡萄球菌引起。真菌、立克次体和衣原体为自体瓣膜心内膜炎的少见致病微生物。