低促性腺激素性性腺功能减退病因包括一大组疾病，先天性GnRH神经元缺陷、垂体促性腺激素缺失或分子结构异常、慢性全身性疾病、精神应激、严重体重丢失或长期剧烈运动都可引起促性腺激素缺失。此外，促性腺激素缺乏也是一些先天性综合征（如Prader-Willi综合征，LaUrence-Moon-Biedl综合征等）的一个组成部分。促性腺激素缺乏的程度也具有不均一性，一个极端是完全无青春期性早熟，另一个极端是青春期延迟，中间是不同程度的过渡类型。