相同点：都含有遗传物质DNA和RNA，都能产生ATP，都具有封闭的两层单位膜，外膜含有孔蛋白，通透性高；内膜通透性低通常向内折叠——形成线粒体的嵴和叶绿体的类囊体，构成多酶系统行使功能的结构框架。

　　不同点：

　　（1）线粒体是由外膜、内膜、外室、内室构成的。叶绿体由叶绿体膜，类囊体和基质构成。

　　（2）线粒体内膜向内室褶叠形成嵴，内膜和嵴的基质面上有许多带柄的球状小体，即基粒。叶绿体内膜并不向内折叠成嵴，不含电子传递链，内外膜之间形成膜间隙。

　　（3）线粒体内膜以内的空隙为基质腔，充满着基质。叶绿体内膜与类囊体之间是流动性的基质，其中悬浮着片层系统。

　　（4）叶绿体内膜中除基质外，还有由单位膜封闭形成的扁平类囊体，类囊体膜中镶嵌有大小、数量不同的颗粒，捕光系统、电子传递链和ATP合成酶都位于类囊体膜上，集中了光合作用能量转换功能的全部组分。