主要是由停止转移信号及其数量决定的。新生肽上是否含有停止转移信号决定了新生肽是否全部穿过内质网膜,成为内质网腔中的可溶性蛋白还是成为膜蛋白。N-末端的信号序列和内含信号序列都可作为起始转移信号,但N-末端的信号序列是可切除的,而内含信号序列是不可切除的。膜蛋白的跨膜次数是由其内含信号序列和停止转移信号序列的数目决定的,这些信号序列都是多肽链中的疏水氨基酸区,因此,根据多肽链中疏水氨基酸区的数目和位置可以预测其穿膜情况。另外,由于膜蛋白总是从胞质溶胶穿入内质网膜,并且总是保持信号序列中含正电荷多的氨基酸一端朝向胞质溶胶面,因而相同蛋白质在内质网中的取向也必然相同。结果造成内质网膜中蛋白质取向的不对称性,并由此决定了该蛋白在其它膜结合细胞器的膜结构中的方向。