二者的关系是辩证的，是相互影响的。一般而言，细胞核起主导作用，但受细胞质的影响。细胞质对细胞核的影响：细胞质不仅在细胞分化中具有重要作用，在成熟个体的组织中，细胞质对细胞核仍然具有影响。许多实验表明细胞质能够影响细胞核的基因表达。鸡的红细胞是终端分化细胞,它的细胞核是高度凝集的,不合成RNA或DNA。当与培养的人Hela细胞(去分化的癌细胞)融合后,核的体积增大20倍,染色质松散,出现RNA和DNA合成,鸡红细胞核的重新激活是由于Hela细胞的细胞质调节的结果。另外，细胞质对基因表达具有调节能力。DeRobertis和Gurdon(1977)把培养的爪蟾肾细胞核注入蝾螈的卵母细胞内,分析蛋

　　白质合成情况,发现,原来在肾细胞中表达的基因,此时不表达,而原来不表达的基因,这时却被激活。说明卵母细胞质中含有某些成分,这些成分控制基因表达的开关,对某些基因能激活,而对另外一些基因起抑制作用。

　　细胞核的决定作用：伞藻是单细胞的海藻,它是研究核质关系中具有其独特优点的材料。1953年,H?mmerling和Brachet用不同帽形,即伞形和菊花形“帽”的伞藻研究了核质关系，证明了细胞核对细胞质的决定作用。另外用黑白两种肤色的蛙为材料进行核移植试验，也证明细胞核对细胞质的决定作用。蛙肤黑色为显性,白色为隐性,都是由细胞核控制的。实验时,将带有显性黑色基因取自囊胚的核移植到带有隐性白色基因经紫外线照射处理的无核卵中,在移植成功长成的蛙中,全部出现了黑色的表现型。这说明蛙的色素是由细胞核控制的,并在以后的胚胎发育过程中受到影响而改变它的作用。