①.外膜(outmembrane)：具有孔蛋白（porin）构成的亲水通道，通透性高。标志酶为单胺氧化酶。

　　②.内膜（innermembrane）：心磷脂含量高、缺乏胆固醇，通透性很低，标志酶为细胞色素氧化酶。线粒体氧化磷酸化的电子传递链位于内膜，内膜向线粒体基质褶入形成嵴，能显著扩大内膜表面积。

　　③.膜间隙(intermembranespace)：是内外膜之间的腔隙，标志酶为腺苷酸激酶。

　　④.基质（matrix）：为内膜和嵴包围的空间。催化三羧酸循环，脂肪酸和丙酮酸氧化的酶类均位于基质中，其标志酶为苹果酸脱氢酶。此外基质还具有一套完整的转录和翻译体系。