玉米苗期的虫害主要是玉米旋心虫、蛀茎夜娥等危害玉米生长点的害虫，还有蛴螬、金针虫、地老虎、蝼蛄等地下害虫和蚜虫、灰飞虱等传播病毒的害虫。
玉米苗期的病害，主要是串珠镰刀菌为病原菌的病害，故应加强对种子传播的病害，立（苗）枯病、缺锌症、君子兰菌病的防治。
玉米苗期病虫害的防治要坚持“以防为主、综合防治”的原则，着重于农业防治，选用抗病品种，同时做好种子处理，合理施肥，适当用药剂防治，能有效地控制和减轻首期病虫害的发生和危害。
具体防治措施：
①实行轮作，秋季深翻，清洁田园，施用腐熟有机肥，减少虫、菌源。选用抗逆性强的品种，播前晒种1－2天，以提高酶的活性，增施农肥及磷、钾肥。
②用5O%粉锈宁按0.3%剂量拌种，防治黑穗病和全蚀病。
③采用种子包衣或每亩用50%辛硫磷乳油200－250克加细土25－30公斤拌匀后顺垄条施，或用3%辛硫磷颗粒剂4公斤对细砂混合条施防治地下害虫。
④合理密植，保证单株足够营养面积，加强田间管理，及时铲趟。
⑤对发生玉米旋心虫、蛀茎夜蛾的田块，用50%敌敌畏400倍液或用40%乐果乳油500倍液喷根，或用90%敌百虫300倍液喷根防治。发生蚜虫时可用40%乐果乳油或40%氧化乐果乳油2000－3000倍液喷雾防治，兼治灰飞虱。每亩用0.2%－0.3%硫酸锌溶液25－30公斤，在玉米4－5叶期进行叶面喷雾防治缺锌症，增强植株抗病能力。