一、抓住破口吐穗期用药
晚稻破口吐穗时间较短，稍纵即逝，此期许多农户没有抓住住，往往抽穗后甚至齐穗期才用药，病入膏盲，故防治效果不好。破口吐穗期叶鞘包裹松弛，无疑为病菌侵入打开了方便之“门”，特别是此期正值稻穗轴伸长期，抽生过程中的穗轴组织幼嫩，对稻瘟病菌几乎没有抵抗能力，尤其是穗轴上的穗颈（穗轴与稻穗的连接处）更为穗轴上的“软肋”，是病菌侵入的主要通道。叶片上的病菌正是通过水膜的流动首先到达并集结于穗颈的，侵入后的病菌迅速繁殖，并寄生和破坏细胞组织，所以以后用药效果不太好，甚至没有效果。有鉴于此，晚稻大肚子期（9月初前后）剑叶（最后一片叶）全展后，要连续几天进行田间调查，当有50%左右的植株开始破口吐穗时就要用药。也有些农户想等以后病虫防治时一起用药，结果贻误了防治适期。对于晚稻而言，保穗战役要服从于穗颈瘟的防治。一般操作方法是：抓住破口始穗期，实施保穗战役，将稻瘟病、二化螟、纹枯病、稻飞虱、细菌性条斑病等病虫一并列入防治对象，把其对口农药混合（不能混合的除外）配成药液进行聚歼，齐穗期再防治一次穗颈瘟。如果稻纵卷叶螟幼虫盛孵期明显早于破口期，则先要防治好稻纵卷叶螟，再抓住破口期实施保穗战役。
二、破口到齐穗期遇到阴雨天气则要抓住雨停的间隙用药
晚稻破口至齐穗期有可能遭遇阴雨连绵的天气，大多数农户往往放弃对穗颈瘟的防治，这是近年来局部丘块晚稻穗颈瘟暴发成灾的主要原因之一。在阴雨天，由于整天叶片上有水膜维持，成为引起穗颈瘟暴发的“导火线”，是大暴发的征兆，因此阴雨天更要重视穗颈瘟的防治。在破口到齐穗期，抓住雨停间隙用药2次，破口始穗期用药一次，抽穗到齐穗期再用药一次，如果喷药后8小时遇雨，还要注意及时补喷。
三、交替用药或联合用药
危害穗颈的稻瘟病菌常有多个生理小种，对于同一种对口农药，不同的生理小种的敏感程度不一样，长期使用同一种对口农药，使对其不敏感的劣势生理小种上升为优势生理小种，是病菌产生抗药性和农药防效下降的重要原因。对付病菌的抗药性，可采取交替用药的方法：如破口始穗期使用三环唑，则齐穗期可使用富士一号或稻瘟灵，也可使用春雷霉素（须提早施药）；还可以联合用药，比如用三环唑与富士一号（或稻瘟灵）混合施药，但要注意春雷霉素不能与杀菌剂混用。
四、加大药液量并将植株喷透
实践表明，每667平方米（1亩）用药液40～50公斤不足以将后期的晚稻植株喷透，由于药液不足，药剂无法通过叶片流入叶鞘并接触正在抽生的穗轴，农药没有接触到穗颈上的病菌，防效自然就不好。因此要将药液量由40～50公斤提高到了5公斤左右，并作为提高药效的重要措施落实到位。在破口期和齐穗期，分别选用20%三环唑100～125克或40%富士一号（或40%稻瘟灵）100克左右，兑水75公斤，将植株中上部喷透；也可分别用20%三环唑75～100克加40%富士一号（或40%的稻瘟灵）75克左右，兑水75公斤，喷透植株。如果使用复配剂，也就不必混合用药了。