1.病状诊断该病只在水稻穗部发生，为害谷粒不能结实。早期外观不明显，菌丝在谷粒内逐渐增大，使内外颖稍张开露出淡绿色块状物即孢子座，后呈黑绿色龟裂，散出粉末厚垣孢子。一般病穗在水稻齐穗后4～5天始见，8～10天后为发病高峰。高峰期病穗数占总病穗的75%以上，齐穗后15天病穗出齐持续10天左右。
2.发生规律病原菌以菌核在地面越冬，也可以厚垣孢子在种子上越冬。病菌在24摄氏度～32摄氏度时发育良好，26摄氏度～28摄氏度最适宜。低于12摄氏度或高于35摄氏度时菌丝生长速度减缓或被抑制。一般7～8月开始抽生子座，上生子囊壳，子囊孢子逐渐成熟。病菌孢子随气流传播，散落于稻叶上，在水稻破口期侵入花器及幼颖，造成籽粒发病。病粒主要在穗的中下部，上部次之。抽穗开花时遇多雨低温，特别连阴雨天发病重。品种间抗病差异显著，抽穗晚的品种有大发生的趋势，杂交稻发病高于常规稻；偏施氮肥及穗肥用量过多均会加重病害发生。当年发病重的田块由于种子带菌量大，有可能翌年发病重；淹水串灌也可导致稻曲病传染发生。
3.防治方法
①农业防治，选用抗病早熟品种，建立无病留种田；改进施肥技术，施足底肥，增施农肥少施氮肥，配施磷钾，慎重用穗肥；浅水勤灌，后期采取浅干湿交替灌溉，适时落田。
②化学防治，浸种催芽前用硫酸铜200倍液或福尔马林50倍液或3%～5%生石灰水浸种3～5小时。也可用50%多菌灵500倍液浸种24小时。在大田防治中波尔多液和硫酸铜液防效高于井冈霉素和多菌灵，但抽穗后使用硫酸铜液容易发生药害。大田第一次防治在破口前8天，到破口抽穗20%时施药效果最好。通常选在下午3时以后用药。每亩用1∶1∶500的石灰倍量式波尔多液或晶体硫酸铜50克或14%络安铜100克或50%DT粉剂100～150克加水50公斤喷雾。第二次防治每亩用井冈霉素150克加水50公斤喷雾，兼治纹枯病。如要兼治穗茎瘟，可同加适量三环唑或多菌灵等药剂。