一、立枯病（黄枯病）
在使用调制剂的情况下，发生立枯病主要与播种量有密切的关系。播种量如果每平方米超过300克时，容易得立枯病。早晨未出太阳时检查苗床，如发现苗床有一块块苗虽然没黄，但没有水珠时说明已得立枯病，这时打药就可以挽救，如果等到苗黄后打药就只能控制发病。是不是立枯病主要看以下几点，首先看稻苗心叶尖上有没有水珠或黄不黄，其次是把病苗连根拔后，根和茎的连接处掰开看茎的中心，如变黑时就是立枯病。立枯病往往心叶死的比下部叶片早。一旦发现立枯病，应立即打药防治。
二、青枯病
也是立枯病的一种，但青枯病主要是苗床管理不当引起的病害。在苗期通风少，床温高，再加上浇水多就引起稻苗徒长，结果地上部长的过大，地下部的根系供水的能力小于地上部茎叶的蒸发，严重时就得青枯病。防治的方法是平时苗床管理上多通风，早通风，控制温度和湿度。千万不能因为气温高进行大通风或中午时分揭膜浇水，应当早上出太阳前或晚上太阳落下以后开始小通风，以后慢慢再大通风，促进稻苗根系生长，让稻苗适应环境。如果青枯和黄枯混合发生时，按照防青枯的方法管理的同时还要打防治立枯病的药。
三、烧苗
这里烧苗指的是施肥过多引起的一种现象。施肥过多往往整床或一块块出苗不齐，不出苗或出苗后立针期开始不长，一般根系小、黑、不扎根。这样的苗只要在不受冻害的前提下，白天多浇水，大揭膜，再浇水再揭膜，反复进行，使苗床的肥洗掉一部分，促进扎根，稻苗发新根后正常管理。
四、烤苗
烤苗指的是温度过高发生稻茎叶发黄的烧苗现象。出现烤苗大部发生在苗床里加盖平铺塑料膜的育苗方法。如果发生烤苗现象时不要轻易毁苗，因为土壤的温度比棚内空气温度低，有时稻苗的茎叶虽然烤死，但生长点并不一定死，可以继续生长。所以只要生长点不死，每平方米追50克硫铵和生根剂后在30度以下的温度下，尽可能保证温度和湿度，促进稻苗生长，稻苗长出2叶后开始进入正常管理，这样缓过来的苗虽然育不出壮苗，总比重新播种好。
五、冻苗
水稻出苗前一般外温达到零下4摄氏度的情况下，靠塑料膜和土壤的保温性能不至于发生冻害，但出苗后秧苗越大受冻害的程度就越重，受冻害的稻苗刚开始稻叶变成水浸状的浓绿色，经过太阳晒后就变黄变白。预计气温要达到0摄氏度以下时，头一天浇水就可以有效地减轻冻害的发生。发生严重的冻害（地上部基本没有绿叶）后，每平方米追50克硫铵和生根剂，在30摄氏度以下的温度情况下，尽可能保证温度和湿度，促进稻苗发新叶，稻苗长出2叶后开始进入正常管理，上部有些叶受冻害时一般对稻苗的生长影响不大。
六、顶盖苗
覆盖用的土粘性大或有机质含量高时苗出现顶盖现象，稻苗出现顶盖时，等到顶盖的土干后，使用木条等物把顶盖土打碎，再浇透水，让苗露出地面即可，不要等到稻苗长大后再处理。防止顶盖苗可采用上面覆盖河砂或出苗前浇一次水。
七、细菌性褐斑病
育苗过程中不注意通风，在秧苗徒长的情况下进行通风就容易造成上部叶片出现褐色细菌性叶斑。这种病害是苗床通风时，稻叶之间相互磨擦出现伤后有细菌侵入产生的病害。此时一般不用打药应加强通风管理。
八、药害
由于使用的药不同，药害的表现也不同，很难说清楚。但目前有点眉目的药害有以下几种，如封闭一号打多的情况下，从第1叶片的叶尖开始往上变白，轻者第1叶变白，重者第2叶变白，甚至还出现全株变白死亡，出现药害时在不影响稻苗生长的前提下应加强通风，尽可能降低苗床的水份，减少秧苗对药的吸收。有些育苗用的调制剂中含有一定量的控制生长的矮壮素类药剂，如果使用量大，使用不均或产品中药的含量大时往往出现秧苗长势缓慢，有时还出现秧苗叶短，株高矮等畸形苗现象。这样的苗只能采取适当保温保湿的办法促进秧苗的生长。有些农户打封闭药时误用头一年打旱田药后没有洗干净的喷壶，往往出现秧苗叶对生，畸形等苗，这样的苗目前还没有特殊的解决办法，希望农户做到水稻苗田喷壶专用。
九、多磷症
在苗床上施用磷肥多时，秧苗的第1叶片开始变成褐色，严重时第2叶的叶尖也变成褐色，但一般对秧苗生长影响不大。这样的苗床应减少磷肥的施用量。