晚稻后期稻飞虱世代重叠，往往是“多代同堂”，且以褐飞虱危害为主，而褐飞虱短翅型成虫往往“大腹便便”，食量大，繁殖快，素有害虫繁殖“冠军”之称，危害迅速，如防治不力，易给晚稻生产造成较大的损失。加上晚稻后期大多数稻田未蓄水层，且晚稻群体较大，药液难以进入到稻丛中下部，给农药防治工作增加了难度。有的农户认为已接近收获期，往往抱着侥幸的心理，放松防治警惕性，哪知褐飞虱迅速危害成灾，在收割前3天～5天出现“空顶”枯苗，结果“功亏一篑”，损失惨重。所以，晚稻后期稻飞虱的防治工作一定要重视，并做到巧治。
按照防治指标用药在若虫（幼虫）低龄高峰期防治，害虫的抗药性不强，又未对晚稻造成危害，因而防效最好。由于虫源和世代不同，晚稻后期的稻飞虱低龄若虫发生往往有多个高峰期，如每次都用药防治，不仅难以做到，而且对环境污染严重，又杀伤天敌，防治效果也未必好。鉴于晚稻后期稻飞虱“多代同堂”，最好是抓住若虫发生期，按照防治指标防治。在晚稻后期，杂交晚稻每100蔸禾有一龄、二龄若虫1500只～2000只，常规稻每100蔸禾有一龄、二龄若虫1000只～1500只时要列为防治对象田。褐飞虱若虫共分五龄，一龄若虫淡黄白色，腹部背面中央有一凸形浅色斑纹；二龄若虫淡黄褐色，腹部背面中央的凸形斑纹不清晰；三龄若虫体色黄褐，翅芽开始出现；四龄若虫翅芽明显，前翅和后翅芽的尖端相接近或相平；五龄若虫前翅翅芽超过后翅翅芽，翅尖端和腹部背面具有蜡白色横条斑。另外，成虫体色较浓，呈褐色或黑褐色，其中长翅型成虫后翅盖过腹部，短翅型成虫后翅未盖住腹部。根据这些特征，从晚稻抽穗直到收获前，要密切注意调查，掌握虫情，达到防治指标的就用药，未达到防治指标可以不用药。
保护好天敌褐飞虱的天敌较多，对其发生与危害起很大的抑制作用。如褐飞虱卵期的天敌，有褐肤赤眼蜂、黑肩绿盲蝽等；晚稻褐飞虱成虫和若虫期的主要天敌是狼蛛，当蛛虫比达到1∶8～9时可以控制褐色虱危害。所以农户使用敌敌畏、速灭威等对口农药防治稻飞虱，常刺激稻飞虱大发生，就是因为大量杀伤了天敌，使稻飞虱失去了天敌的控制所致。近年推广的稻草还田免耕栽培技术，对保护稻田蜘蛛起了一定的作用，所以当稻田蜘蛛撒开“天罗地网”的时候，尤其要加以保护。在按照防治指标防治病虫害的基础上，尽可能选择对天敌影响较小的农药，如防治稻飞虱使用吡虫啉、扑虱灵等低毒农药，不要使用敌敌畏、速灭威、叶蝉散、混灭威等中高毒农药。
选好农药目前农户使用较多的是敌敌畏、速灭威等，这些农约由于长期施用，稻飞虱对其产生了明显的抗药性，导致防效不理想。鉴于此，防治晚稻后期稻飞虱要以吡虫啉为主，辅以扑虱灵。吡虫啉的商品名比较多，如蚜虱净、蚜虱光、一遍净、大功臣、康福多、咪蚜胺、高巧、艾美乐等，是一种高效杀虫剂，其杀虫谱广，药效迅速，内吸性强，持效期长（10天～15天），低毒安全，稻飞虱尚未对其产生明显的抗药性。扑虱灵又名优乐得、噻嗪酮，其特点是药效期长（有效期可达30天左右），对环境和天敌安全，对低龄若虫和卵有很好的杀灭作用，但药效迟缓，一般要5天～7天才起作用，对高龄若虫防效不佳。对于防治对象田，抓住低龄若虫期，及时用10%吡虫啉2500倍液～3000倍液喷施，如果害虫发生的峰次多，也可667平方米用10%吡虫啉25克～30克、25%扑虱灵20克～25克对水稀释成2500倍液～3000倍液喷施。
改进施药方法在施药前，按照宽2.5米左右分厢赶禾（抽穗期不宜赶禾，宜在乳熟期后进行），形成操作道，便于将药液施于稻丛基部，以利于接触虫体（吡虫啉和扑虱灵均为触杀型和胃毒型杀虫剂）；如能蓄水层的，在施药时结合间隙灌溉，最好蓄有浅水层7厘米深左右，施药后三四天内不要将水放出田外，也不要放水进田，让其自然落干。考虑晚稻后期药液难以进入稻丛基部，可采用粗点喷雾（摘除喷雾器喷头），尽量使药液进入稻丛基部，一般667平方米药液量70公斤～80公斤，将稻株中下部喷透；如果稻田出现干旱，则667平方米用10%吡虫啉30克、25%扑虱灵25克对水300公斤，盛于粪桶内，用粪勺泼施于稻丛基部。施药最好是下午4时以后进行，防止高温对药效的影响。