玉米制种的每一个重要环节都会导致种子发芽率降低。造成发芽率低的原因有：

　　1、制种田亲本贪青晚熟，灌浆不饱满，含水量高。

　　2、种子在乳熟期遭遇低温、冷害、霜冻，被迫收割，果穗收获以后在晒场上遭遇冻害，均可降低种子发芽力。

　　3、种子入库后，存放在阴暗、潮湿等封闭不良的库房内等。这些因素均可导致种子发芽率降低。