玉米丝核菌穗腐病以玉米丝核菌休眠菌丝和菌在籽粒、土壤或植物残体上越冬。温暖潮湿的天气有利于该病菌的侵染和病害扩展。播种或移栽前，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。和非本科作物轮作，水旱轮作最好。选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。育苗移栽或播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。适时早播，早移栽、早间苗、早培土、早施肥，及时中耕培土，培育壮苗。选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度，这是防病的重要措施。土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或穴施灭菌杀虫的药土，施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，不用带菌肥料；采用配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。地膜覆盖栽培；合理密植，及时摘除茎部最低处2—3片叶子，增加田间通风透光度；及时清除病株、老叶，集中烧毁，病穴施药。及时喷施除虫灭菌药，防治好蚜虫、灰飞虱、玉米螟及地下害虫，断绝虫害传毒、传菌途径；防止病菌、病毒从害虫伤害的伤口进入而危害植株。高温干旱时应经常灌水，以提高田间湿度，减轻蚜虫、灰飞虱危害与传毒。严禁连续灌水和大水漫灌。适当调节播种期，尽可能使该病发生的高峰期，即玉米孕穗至抽穗期，不要与雨季相遇。