生石灰的消毒原理是利用氧化钙和水反应生成氢氧化钙，使水质呈强碱性，导致病微生物和野杂鱼虾难以存活而死亡，从而达到清塘消毒的目的。对大多数繁殖型病原菌有较强的消毒作用。另外，生石灰能中和池内酸度，提高水体碱度，调节PH；能与铜、锌、铁等结合而减轻水体毒性；促进池底厌氧菌群对有机质的矿化和腐殖质分解，使水中悬浮的胶体颗粒沉淀，提高池水的透明度；可改良底质，增加钙肥，提高水生植物对钙、磷的利用率，有利于浮游生物繁殖，保持水体良好的生态环境。

生石灰晴天用药效果更佳，不同消毒方法其使用量不同。干法清塘时每亩用量60-80Kg，带水清塘时每亩每米水深用量100-150Kg；水体消毒时每亩每米水深用量10-20Kg。

1.生石灰长时间在空气中暴露会吸收二氧化碳变成粉末状碳酸钙，起不到清塘消毒的作用。因此生石灰最好现买现用，且选择块状较轻、不含杂质的为好。若一次用不完剩下的生石灰用塑料袋扎口密封保存。

2.生石灰要加入浆后趁热泼洒，忌将残渣倒入池中，以免池鱼误食而死亡，更不可将整块石灰扔到池中进行水体消毒。

3.生石灰忌与氮肥同时施用。生石灰遇水生成大量的OH-，使NH4+＋OH-≒NH3·H2O平衡向右进行，氨水含量高易引起鱼类氨中毒。同理，池水中氨氮含量高于1.2毫克／升时，也不宜放用生石灰。另外施铵态氮肥后隔一周后方可使用生石灰，切忌混用。

4.生石灰不能磷肥混用。施磷肥后无机磷在pH为6.5-7.5时主要以HPO42-、H2PO4-形式存在，若与生石灰混用在pH大于7.5时，会发生反应生成Ca（PO4）2，使有效磷易形成钙盐沉淀而损失。一般施生石灰后至少隔10－15天方可施磷肥。

5.生石灰不能漂白粉、强氯精等卤素类药物混用。因为漂白粉等为酸性药物，生石灰为碱性药物，若混用则酸碱中和，直接降低消毒功效。

6.生石灰忌与敌百虫同时施用。因为生石灰遇水生成氢氧化钙，而在弱碱性条件下，敌百虫会发生化学反应生成敌敌畏，其毒性会增强10倍，且残留期大大延长。

7.不能和硫酸铜等同时使用。水体中钙离子的增加会导致铜离子的减少，大大降低硫酸铜的功效。同理，生石灰不能和钙、镁、重金属盐混用。

8. 不宜与有机络合物混用。水溶性的有机络合物与钙离子生成不溶性的络合物，降低络合物疗效。