虽然生物治污在很多场合如鱼得水，发挥很大功效，但我们不能盲目乐观。从治污实践看，利用生物措施必须慎之又慎。

在中外水污染治理史上，生物治污不是新鲜事，有引进水生植物净化水质的，也有利用特种鱼类甚至是微生物治理水体的。华东地区是最早采取生物手段治污的，早在上世纪80年代初引进原产南美的水葫芦（凤眼莲）治理江南河网的水污染和推广茭草治理太湖污染，但如今两地水质污染问题并没有得到根治。原因很简单，就是有关方面在考虑这些生物措施“有利”一面的时候，没有预料到其“有害”的一面。如大量放养鲢鱼，短时间确实能吞噬蓝藻，但它们在消化这些营养物质的同时，也大量排放粪便，破坏了原来的水体生态平衡。加上鱼类本身也是“血肉之躯”，每当天气炎热水位降低，或者岸上污水来量大的时候，鱼类大量死亡，尸体来不及打捞，就在水中腐烂，造成更严重的水体污染。

治污能手水葫芦后来被人们“忍无可忍”也在于其治污的另一面。一方面，水葫芦是水质净化能手，不但能吸收污水中的普通污物，而且对有毒的汞、铅等重金属都应付自如，它对石油废水中的有机污染物清除率可达95％以上。另一方面作为公认生长最快的植物之一，它很快就把整个水面覆盖得严严实实，影响水运和景观。这些速生植物也会迅速在水中死亡、腐烂，导致水体的“二次污染”。

事物都有矛盾的两个方面。我们在试图利用一种生物的优势造福人类的时候，也必须充分考虑到可能的不良影响，顾此失彼的做法应该摒弃。