芽孢杆菌为革兰氏阳性菌，属于需氧芽孢菌种的非致病菌，多为腐生菌。在水产养殖中应用的种类主要是枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜡样芽胞杆菌和东洋芽孢杆菌等。

主要作用如下：1、分解有机物、氨氮、亚硝酸盐，改良底质和水质。芽孢杆菌具有强力分解有机物的能力，能分泌胞外酶分解水体中和池底淤泥中残饵、粪便等有机物，并转化成藻类能利用的有机物；2、抑制病原菌，提高防病力。芽孢杆菌一旦占据优势地位后，可以通过与有害菌的营养竞争来抑制其生长、繁殖。芽孢杆菌进入动物肠道后通过与有害菌的营养竞争和在肠道等粘膜结合点的场所竞争以及分泌类似抗生素的多肽类物质，直接或间接地抑制有害病原菌，从而提高水产动物的抗病力。3、增强水产动物免疫力。4、产生多种营养物质和酶，促进生长、提高饵料利用率。芽孢杆菌在水产动物肠道内生长繁殖时，能产生多种营养物质，如维生素、氨基酸、有机酸和促长因子，参与水产动物新陈代谢，为机体提供多种营养物质。芽孢杆菌还能产生具有较强活性的蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶，从而提高饵料利用率，降低饵料系数，促进水产动物生长。5、改善水产养殖动物的商品性能。