由于微生物肥料的作用受许多条件的制约，对一些制约因素如果不清楚或根本不了解，好的应用效果就无从谈起。如微生物和寄主之间的关系，品种专性和光谱性机制，制品中微生物进入土壤后的制约因素，同类微生物的竞争等；再有接种剂在载体上的存活，在种子上的存活，在根际的定殖，引起植物反应的程度，及其应用方法等方面，都需要进行广泛的研究，为微生物肥料的应用打下坚实的生态基础，使之效果得到全面的发挥。

　　高科技含量的菌种组成、工艺路线、产品构成和科学的施用技术这是专用微生物发挥作用的基础。根据不同的作物种类，需肥特点，田间主要病害的种类，产品品质特点，将筛选出来的目的微生物进行科学、合理、巧妙地组合、筛选出良好的工艺路线，确定必要的构成和比例，确定最佳使用技术，才能使各种专用微生物肥料真正”专用”，发挥出最大的效益。

　　专用型的生物肥是针对使用作物的根际微生物种群研发的，针对特定作物的生理生化、需肥特点以及主要病害的发生规律，针对特定作物内生菌主要类群、功能和生态特性研发的。以优质高级有机质为营养源，经生物科技以及强势和为数庞大的活性有益微生物菌群，更有价值甚高的共生代谢物，这些均为有利植物生长、促进植物健壮的不可或缺的物质，效果明显而迅速，长期使用能直接提供植物所需均衡的营养，并可改善土壤，建立土壤微生物相，并且因为利用微生物的强势（拮抗作用）可有效抑制病害及虫害，达到减少农药、化肥使用，直至代替农药、化肥之效果，并能提升地力，增加农业产值，带动健康，并完成“永续农耕”的目标。