施入专用生物肥后，在作物根部大量生长繁殖形成优势种群，本身就有拮抗病原微生物的作用，还能抑制或减少病原微生物的繁殖机会：

　　激活防卫机制：次生代谢产物，如抗生素类物质、氰化物等可以抑制土著病原菌对植物根部的侵染；铁载体、假单孢菌素等抑制有害微生物的种群数量，诱导植物产生抗性，激活防卫机制，减少或降低病害发生；

　　诱导防御反应：可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应。

　　施入专用生物肥后作物生长健康，也增强作物的抗病能力；可抑制多种病原真菌、细菌和线虫性病害。对立枯病、黄萎病、黑斑病、霜霉病、根腐病、晚疫病和根结线虫病等都有明显的抑菌防病的作用。