解放初期，叫铜鼓镇，属吴家铺（现吴家镇）管辖。

1952年与复兴乡（现远觉镇）所辖的永兴寺（现永兴寺村）合并，于1953年成立永兴乡。

1956年永兴乡设9个社：桂花社，清流社，人民社，共和社，民主社，荣山社，永兴社，胜利社，前进社。有的社（村）下面设有分社。

1958年与玉方乡和吴家镇合并，成立吴家人民公社。

1962年与吴家、玉方分离，单独成立永兴人民公社。

1965年3月8日，永兴公社有11个大队，一大队有11个生产队，二大队有6个生产队，三大队有11个生产队，四大队有11个生产队，五大队有7个生产队，六大队有7个生产队，七大队有7个生产队，八大队有5个生产队，九大队有5个生产队，十大队有8个生产队，十一大队有8个生产队。

1979年地名普查时，因地处清流河畔，即更名为清流乡。仍属吴家区管辖。辖11个自然村，110个合作社。

1981年12月2日，永兴公社改清流人民公社。

1994年1月，建制调整，撤区建镇，将吴家乡的玉方大队、高桥大队划归清流管辖，清流乡更名为清流镇。辖清流、龙井庙、磨子、长田、土地坎、大凼、永兴寺、燕子岩、方冲、冯家坪、马草、荣江、玉方、黄葛滩14个村。

1998年2月25日，清流镇的黄葛滩、玉方、荣江3个村划归吴家镇管辖。

2001年6月，又一次建制调整，撤乡并镇，玉方大队、高桥大队归吴家镇管辖，清流镇名称未变。

2005年，清流镇辖清流、龙井庙、永兴寺、马草、新庙子5个村。

2010年，清流镇辖3个村和1个社区35个居民小组。

2014年，清流镇行政区划未变，仍为清流社区、龙井庙村、马草村、永兴寺村。