春秋为楚番邑。秦始皇二十六年 (前221年) 置番阳县，治今址，以处番水之北得名，属九江郡。吴芮时为番令即此。西汉名鄱阳县，属豫章郡。建安十五年 (210年) 属鄱阳郡，为郡治，郡县均治今古县渡。三国吴赤乌八年 (245年) 鄱阳县还治今址。南朝齐鄱阳郡还治鄱阳县。梁承圣二年 (553年) 分江州立吴州，领鄱阳郡、州郡同治鄱阳县。隋平陈属饶州，为州治。大业初复为鄱阳郡治。唐武德五年为饶州治。天宝元年 (742年) 为鄱阳郡治。乾元元年 (758年) 为复为饶州治。元为饶州路治。明为饶州府治。

1912年废府属省。

1914年属浔阳道。

1926年复属省。

1952年属上饶专区。

1957年改名波阳县。

1971年属上饶地区。2003年12月17日经民政部批准，波阳县县名恢复为鄱阳县。

1983年7月，将波阳县的渔山公社及荷塘垦殖场划归景德镇市昌江区管辖（国函字［1983］146号）。

1984年5月24日，波阳县设置九个区建制。谢家滩区辖石门街乡、谢家滩乡、肖家岭乡；侯家岗区辖侯家岗乡；油墩街区辖银宝湖乡、油墩街乡、湖滨乡、莲山乡、桥头街乡、响水滩乡；田畈街区辖田畈街镇、田畈街乡、柘港乡、金盘岭乡、枧田街乡；高家岭区辖游城乡、珠湖乡、站前乡、高家岭乡；团林区辖四十里街乡、团林乡、磨刀石乡、双港乡；古县渡区辖古县渡乡、昌洲乡、古南乡；凰港区辖凰岗乡、东溪乡、太阳埠乡、神山乡；芦田区辖芦天乡、饶埠乡、桐山乡。三庙前乡、莲湖乡、水上乡为县直辖乡（赣府字［1984］117号）。

1985年4月18日，设立莲花山、莳山、白沙洲、聂家、鸦鹊湖乡（赣府厅字［1985］230号）。

1986年2月23日，撤销石门街乡，设置石门街镇（赣府厅字［1986］74号）。

1992年7月27日，撤销水上乡（赣民字［1992］138号批复）。

1994年11月25日，撤销油墩街乡、谢家滩乡、四十里街乡、古县渡乡、双港乡、饶埠乡，设立油墩街镇、谢家滩镇、四十里街镇、古县渡镇、双港镇、饶埠镇（赣民字［1994］238号批复）。至此，全县辖9个镇、32个乡：鄱阳镇、石门街镇、谢家滩镇、油墩街镇、田畈街镇、田十里街镇、双港镇、古县渡镇、饶埠镇、莲花山乡、肖家岭乡、侯家岗乡、响水滩乡、桥头街乡、莲山乡、枧田街乡、莳山乡、湖滨乡、碧山乡、柘港乡、金盘岭乡、鸦鹊湖乡、银宝湖乡、游城乡、珠湖乡、高家岭乡、白沙洲乡、站前乡、凰岗乡、东溪乡、聂家乡、太阳埠乡、团林乡、古南乡、神山乡、昌洲乡、磨刀石乡、莲湖乡、三庙前乡、芦田乡、桐山乡。

1999年5月4日，饶丰综合垦殖场改制设立饶丰镇，镇政府驻红土山；乐丰良种繁殖场改制设立乐丰镇，镇政府驻包家（赣民字［1999］112号批复）。

2000年6月27日，撤销金盘岭乡、高家岭乡、凰岗乡，设立金盘岭镇、高家岭镇、凰岗镇（赣民字［2000］143号批复）。至此，全县辖14个镇、29个乡。

2001年12月3日，撤销磨刀石乡，划归鄱阳镇；撤销莳山乡，划归田畈街镇；撤销聂家乡，划归双港镇；撤销站前乡，划归高家岭镇；撤销湖滨乡，划归油墩街镇（赣民字［2001］570号批复）。

2003年10月21日，撤销东溪乡、太阳埠乡、神山乡，成建制划归凰岗镇管辖；撤销碧山乡，成建制划归田畈街镇管辖（赣民字［2003］273号批复）。

2003年12月17日，经民政部批准，波阳县恢复鄱阳县名。

2004年底，全县辖14镇20乡：鄱阳镇、谢家滩镇、石门街镇、四十里街镇、油墩街镇、田畈街镇、金盘岭镇、高家岭镇、凰岗镇、双港镇、古县渡镇、饶丰镇、乐丰镇、饶埠镇、肖家岭乡、侯家岗乡、莲花山乡、响水滩乡、桥头街乡、莲山乡、枧田街乡、柘港乡、鸦鹊湖乡、银宝湖乡、游城乡、珠湖乡、白沙洲乡、团林乡、古南乡、昌洲乡、庙前乡、莲湖乡、芦田乡、桐山乡。

2006年1月20日，撤销鄱阳县古南乡，成建制划归古县渡镇管辖；撤销鄱阳县桐山乡，成建制划归乐丰镇管辖；撤销鄱阳县莲山乡、桥头街乡，成建制划归油墩街镇管辖；撤销鄱阳县肖家岭乡，成建制划归响水滩乡管辖（赣民字［2006］5号批复）。