战国至秦代为扶余族、高句丽部落活动地区。

汉属玄菟郡。三国、两晋、南北朝至隋，均被高句丽所据。

唐属安东都护府仓岩州管辖。唐元和十五年属渤海桓州的桓都县。

辽属东京道桓州。金属婆速府路。元属辽阳行省的沈阳路。

明代属奴儿干都司，为女真族活动地区，清属奉天府兴京厅。

光绪三年，始建怀仁县。

民国三年，因与山西省怀仁县重名，改桓仁县，以古桓州得名。

1947年，建立桓仁县人民政府，属安东省辖。

1949年，划归辽东省通化地区领导。

1954年，桓仁满族自治县属辽宁省安东地区领导。