门巴人大约在300多年前，从门隅、主隅开始迁入墨脱，最早到达的已有12代人，最晚的移民也有8代人了。

约在十九世纪后半叶，门巴族和珞巴族之间因争土地和猎场发生纠纷，进行械斗。当时分割一方的波密土王，利用门巴族和珞巴族相争这一时机，先后在墨脱地区建立了地东宗和嘎朗央宗，势力扩及到下珞瑜地区，进而统治了墨脱及大峡谷地区。

二十世纪二、三十年代，西藏地方政府再次派兵征讨，大败波密土王，彻底消灭了波密土王的势力，墨脱直接归西藏政府统辖。后来西藏地方政府将地东宗赠给在消灭波密土王期间立了功的色拉寺管理；将邦辛、加拉萨地区划归倾多寺的封地，金珠地区划为松果寺的封地。

约在清光绪辛巳年（1881年），噶朗王（波密土王）旺秋绕顿为将统治势力伸入白玛岗，在地东建立了地东宗，首任宗本是门巴族的诺诺拉。

19世纪改地东宗，后迁宗址到墨脱村，易名为墨脱宗（1881年波密王在墨脱设宗）。

民国八年（1919年），因地东缺水，将宗政府迁至墨脱，并改地东宗为墨脱宗。

民国十六年（1927年）至民国二十年（1931年）噶厦政府与波密王之间爆发战争，波密王战败。噶厦政府将墨脱分封给色拉寺、倾多寺和松宗寺，三寺各自建宗，一直延续到西藏和平解放。

1950年8月15日，墨脱县发生里氏8.5级地震。地震引发山体崩塌、滑坡和泥石流，墨脱大地面目全非，在数万平方公里的地面上，中印两国共死亡约4000人。

1959年7月建墨脱县。

1964年划归拉萨市管辖。

1986年2月划归林芝地区管辖。

2015年3月，撤销林芝地区，设立地级林芝市。墨脱县属林芝市辖县至今。

地名由来

墨脱，在藏传佛教经典中称“博隅白玛岗”，意为“隐藏着的莲花”，相传九世纪时莲花生大师受吐蕃赞普赤松德赞之请遍访仙山圣地，到了这里后，发现这里的地形像一朵盛开的莲花，有圣地之象，遂在此修行宏法，并取名“白玛岗”。