元初为会州治所，明改为会宁县，原名会宁城。

1949年后改为城关镇，1981年改会师镇（一说，1965年建城关镇，1983年更名为会师镇），因1936年10月中国工农红军一、二、四方面军长征会师于此，故名。

1958年设立城关公社，1983年改桃花山乡。

1996年，会师镇面积4.8平方千米，人口1.3万人，辖东关、南关、西关、北关、颐园坪、校场、砚台坪、枝阳巷8个居委会；桃花山乡面积181.5平方千米，人口1.5万人，辖城关、西岩山、高家庄、南家嘴头、东河、王家山、南十里铺、范家湾8个行政村。2005年，撤销桃花山乡并入会师镇。