据资料表明，早在公元前的一至二万年——冰河时期稍后，已有人类聚居于流入现今日内瓦湖的罗纳河（Rhone）河口两岸。而日内瓦的名字来源于公元前凯尔特人在此建造的古城。日内瓦第一次在拉丁语中出现是在凯撒的著作，在《高卢战记》中他对高卢战争的看法。这个名字最初有可能与位于利古里亚地区的Genua (现热那亚)城相同，意思是“膝盖”，也就是指日内瓦的特殊地理位置在一个角落里；然而日内瓦这个名字的由来更有可能建立在gen-“诞生”著个字根上(Genawa位于河流的源头日内瓦湖上；也许日内瓦的意思便是“水的诞生”)。在被罗马征服后，日内瓦变成了“罗马行政区”(Provincia Romana)纳尔榜南西斯高卢(Gallia Narbonensis)的一部份。公元前58年，凯撒在日内瓦包围了西行的赫尔维蒂人。9世纪成为勃艮第首都。虽然日内瓦一直是勃艮第人、法兰克人和神圣罗马帝国争夺的对象，但在实际上日内瓦一直都是被其主教掌治著，直到宗教改革，日内瓦成为共和国。

由于加尔文等人带领的宗教改革，日内瓦常被喻为“新教的罗马”。16世纪日内瓦是加尔文新教派的中心；老城区的日内瓦圣彼得大教堂便是加尔文自己的教堂。英格兰玛丽一世时期大力迫害新教徒，因此大量新教学者逃向日内瓦其中包括后来监督翻译日内瓦圣经的威廉·惠丁汉(William Whittingham)和他的合作者迈尔斯·卡佛岱尔(Miles Coverdale)，克里斯托弗·古得曼(Christopher Goodman)，安东尼·吉比(Anthony Gilby)，托马斯·桑普森(Thomas Sampson)和威廉·科尔(William Cole)。

对于日内瓦的人民来说，登城事件是他们独立的象征。它标志著几位沙维斯公爵企图吞并日内瓦以作为他们阿尔卑斯山以北的首府的欲望彻底破灭。登城事件便是他们跨世纪一系列的进攻的句号。这最后一次进攻发生于1602年12月11至12日，传说中市民猛烈抵抗，甚至将煲、壶等厨具作为武器猛掷侵略者，结果公爵未能得逞，因此这个日子被定为登城节。每年在日内瓦老城区都会举行马队，大炮和穿着当时服装的士兵的游行仪式以作庆祝。

从19世纪后期开始，到瑞士旅行成为了英国贵族们追求的时尚。他们带着随从和财富，首先来到日内瓦，由此成就了瑞士成为一个旅游国家。这些使得当时在欧洲已经很有名的经营钟表的商店和经营珠宝、贵金属的商人激增，从而也建立了日内瓦作为商业城市的地位。