古瓜洲是江中砂碛堆积而成，今日的瓜洲镇，是由原来江北岸的四里铺衍变而来的。

1949年设瓜洲区，1956年建瓜洲镇。

1958年改瓜洲公社，1964年析建运西公社，1983年改瓜洲镇、运西乡。

1996年，瓜洲镇面积14.2平方千米，人口1.7万人，辖瓜洲、大李、梅庄、鞠庄、军桥5个行政村和四里、迎江、河东、高桥、江口、陈家湾6个居委会；运西乡面积32平方千米，人口2.2万人，辖冻青、冯巷、扬庄、蒋王、黄庄、东石、仪扬、曹桥、戚桥、外圩、建华、韩桥、郭汊、沈院、运西、红庙、安桥17个行政村。

2001年5月，撤销运西乡，将其原辖区域并入瓜洲镇，镇政府驻瓜洲镇，同时将原渔业乡所辖沿江村瓜洲渔业作业区划入瓜洲镇。2003年，辖陈家湾、四里铺、西八里铺3个居委会和瓜洲、冻青、红庙、运西、明星、蒋庄、东石、戚桥、建华、鞠庄、军桥11个行政村。