据《东莞县志》记载：东莞县在明代以前，县城设三个“坊”，附城设一个“厢”，城外乡村，设五个“乡”，“乡”以下共辖20个“都”，“都”以下共辖183个“里”。

石排各村，当时按地域分别隶属于“文顺乡”的第三、四两都。

明朝以后，清朝期间东莞县乡镇，分别由“捕厅”、“戎厅”、“京山司”、“缺口司”、“中堂司”等五个厅司管辖。当时，石排各村按地域划分，分别由“戎厅”和“京山司”两衙管辖。

民国时期，东莞县划分为11个区，石排地区属第六区，区公所设在茶山。当时，石排划分为云岗乡、太和乡、福隆乡。

民国三十四年（1945年）九月，日本投降，日伪政权覆灭。东莞县政府迁回莞城。不久，实行并区联保，将全县原来十一个区合并为六个。石排三个乡改属第二区，区公所设在石龙。

1949年，各级人民政府成立，石排分为云山乡、和平乡，隶属东莞县第七区，区公所设在企石，后迁至江边村。第七区还管辖园洲乡、民主乡、丰乐乡和大同乡，共6个乡。

1952年，撤销云山乡、和平乡，设立中坑、埔心、石排、龙岗、福隆、黄家壆6个小乡，仍属第七区管辖。区公所设在企石。

1953年，中坑、埔心2个小乡属石龙区管辖，石排、龙岗、福隆、黄家壆4个小乡属企石区管辖。

1957年12月26日，成立石排大乡，辖以上6个小乡及田寮村。

1958年9月，东莞县撤销区、乡建制，实行“政社合一”，石排乡、园洲乡、企石乡合并成立企石人民公社。

1959年，改为6个管理区。

1961年6月，从企石人民公社分出成立石排人民公社。管辖中坑、埔心、石排、龙岗、福隆、黄家壆6个大队。

1964年，石排人民公社将6个大队改为石排、下沙、庙边王、福隆、沙角、黄家堡、赤坎、向西、水贝、田寮、横山、埔心、田边、中坑、燕窝15个大队。

1968年，改为石排公社革命委员会。

1983年，石排区公所成立，管辖18个乡及1个居民区。，管辖石排、福隆、庙边王、下沙、沙角、黄家壆、赤坎、向西、水贝、田寮、横山、埔心、谷吓、塘尾、李家坊、中坑、田边、燕窝18个乡及1个居民区。

1987年，石排镇成立，管辖18个管理区及1个居民区。管辖石排、福隆、庙边王、下沙、沙角、黄家壆、赤坎、向西、水贝、田寮、横山、埔心、谷吓、塘尾、李家坊、中坑、田边、燕窝18个管理区及1个居民区。

1987年4月，撤销石排区公所，设立石排镇。

1999年各管理区改为村，各村共辖68个自然村。