东楼乡于明洪武初年随秀容县并入忻州，明、清属忻州、代州、保德州，民国初年属雁门道，后分属一、二专员公署。

1948年7月21日，忻州解放后属忻县专区二区。

1953年分设为东楼乡、肖郝乡。

1956年肖郝乡撤并入东楼乡。

1958年东楼、义井两乡合并成立红旗公社。

1978年属忻州地区行政公署。

1983年属县级忻州市。

1985年撤红旗公社，设东楼乡。2000年6月撤市设区后，属忻府区管辖。