西汉初（公元前206年）置充国县，为巴郡11县之一，治地在今县西大桥镇东北14公里。东汉初并入阆中县，和帝永元二年（公元90年）复置；献帝初平四年（公元193年）又分充国县置南充国县，为巴郡所辖15县之一，治地在今南隆镇。分置南充国县后，充国县在西，后称西充国县。建安六年（公元201年）刘璋改原巴郡，西、南二充国县均隶巴西郡。

南朝宋元嘉八年（431年）在原巴西郡地立北巴西部郡，又改南充国县为南国县、西充国县为西国县，同属北巴西郡。

梁武帝天监二年（503年）改南国县为南部县，仍属北巴西郡；天监八年（511年）于北巴西郡置南梁北巴州。大同中（535－546）州、郡、县建置变革纷繁；在南部县设置南部郡（领县一，郡、县治地均在今南隆镇）；又分金迁戍地置金迁郡，并置郡辖金匮县（郡、县治地均在今升钟镇桥坝头村）；改掌天戍地为掌天郡及郡辖西水县（郡、县治地均在今西河乡高峰村）；复改西国县为西充县。南部、金迁、掌天、木兰四郡皆隶南梁北巴州。

西魏废帝二年（553年）改南梁北巴州为隆州、改北巴西郡为盘龙郡（州、郡治阆中）。改南部郡为新安郡、隆州新安郡仍领南部一县。又将木兰、掌天二郡并入金迁郡，改西充国县为晋城县，改金匮县为晋安县，晋城、晋安、西水三县皆属金迁郡。

北周孝闵帝元年（557年）南部县属盘龙郡。

隋开皇三年（583年）推行州县二级制，悉罢全国诸郡。罢金迁郡，以地属隆州（治阆中）；省晋安县入晋城县，移治晋安坝（今升钟镇桥坝头村）。其时，南部县、晋城、西水三县皆隶隆州。大业元年（605年），西水县因水毁，治徙彭定故宅（今保城境内）。是年，又罢隆州置巴西郡，南部、晋城、西水三县为巴西郡所辖。

唐武德元年（618年）改巴西郡为隆州，改晋城县为晋安县。同年又析南部、晋安二县地置新井县（治今大桥镇附近）；四年析南部、相如二县地置城县，后避太子讳更名新政县（治今仪陇县新政镇）。其时，南部、晋安、新政、新井、西水五县均隶隆州。先天元年（712年）避玄宗讳改隆州为阆州，辖县不变。

宋真宗咸平四年（1001年）在今四川省地区置益、梓、利、夔四路，利州路仍置阆州阆中郡，领有南部、晋安、新政、新井、西水诸县。神宗熙宁四年（1071年）省晋安为镇入西水。南宋理宗淳佑二年（1242年）蒙军扰境，南部县治徙跨鳌山。

元至元十三年（1276年）罢阆州置保宁府，隶广元路；二十年新井、新政、西水三县并入南部县。元末明玉珍据蜀建大夏政权，南部县隶属未变。

明洪武四年（1371年）南部县治迁还旧址；十年南部县并入阆中，十三年又复置，仍隶保宁府。清代沿旧。

民国3年（1914年）南部县隶属嘉陵道；24年隶属四川省第十一行政督察区（治今南充）。1933-1935年，川陕苏区成立中共阆（中）南（部）苏维埃政权。

新中国成立后，南部县隶属南充专（地、市）区、1993年南充撤地建市后，隶属南充市。

2004年9月3日，南部县柴井乡和度门镇划归仪陇县管辖。

2004年9月30日，南部县人民政府机关办公驻地由南隆镇文庙街8号迁至该镇金葫路8号。

2010年4月12日，南部县南隆镇析出部分行政区域设置滨江和蜀北2个街道办事处。县政府驻蜀北街道。滨江街道办事处辖原南隆镇10个社区居委会所属行政区域，滨江街道办事处驻半边街50号。蜀北街道办事处辖原南隆镇的13个社区居委会所属行政区域，蜀北街道办事处驻蜀兴街110号。

2011年8月18日，南部县光华乡整建制正式划归仪陇县管辖。调整后，南部县辖2个街道、31个镇、40个乡。