马巷，别名舫山，宋朝、元朝及明朝均属民安里，称马家巷、马厝巷。

清乾隆四十年(1775年)，划民安、翔风两里及同禾里的五、六、七都设散厅，称马巷厅，隶属于泉州府。

光绪年间，万友正曾经为“马巷厅”编写过《泉州府马巷厅志》18卷，为清代福建省地方方志史料之一。

民国时期，全国实施“废厅改县”，废除马巷厅，理应改制为“马巷县”。但意外的是，当时马巷厅并没有被因此改制为“马巷县”，而是马巷镇改归同安县管辖，同安县方面再派“马巷县佐”来镇上治理。

1955年10月，改设马巷乡，并归马巷区。

1956年6月，复称马巷镇。

1959年2月，改设马巷公社。

1961年9月，原马巷镇区称马巷公社（仅有五星大队），归马巷区管辖。

1964年4月，原马巷镇区5个村划归马巷公社。

1984年4月，马巷公社更名后滨乡，马巷镇恢复。

1987年，后滨乡撤销并划归马巷镇。

1997年05月01日，同安撤县设区，属于同安区。

2003年10月设立翔安区，划归翔安区管辖。