1999年，奈曼旗辖5个建制镇，13个苏木和13个乡，共31个乡级行政单位，529个嘎查村，12个居民委员会。

2000年，奈曼旗辖11个镇、8个乡、12个苏木。

2001年9月，自治区民政厅批准同意白音塔拉苏木改设建制镇。全旗下设大沁他拉、八仙筒、青龙山、东明、治安、土城子、沙日浩来、义隆永、新镇、平安地、得胜、黄花塔拉、白音他拉13个镇；白音昌、苇莲苏2个乡；固日班花、章古台、巴嘎波日和（已被取消）、奈林、清河、明仁6个苏木。

2006年6月，奈曼旗辖大沁他拉、八仙筒、青龙山、东明、治安、新镇、沙日浩来、义隆永8个镇；固日班花、白音他拉、明仁、黄花塔拉4个苏木，类似乡镇级区划国有六号农场。

2012年1月，新恢复成立土城子乡和苇莲苏乡。