标里即标里铺，原名十八里铺。相传，春秋末期楚灵王伐徐时，大将伍子胥在城父寨（今谯城区的城父镇）镇守，因标里距离城父寨十八里路，故叫十八里铺。由于标里距离城父寨18里的路程非常标准，故人们就把十八里铺改成标里铺（即标准里程的意思）。在元朝时代，标里铺居住的居民是季姓，故又叫季家庄。元末明初，兵荒马乱，在三洗凤阳府时，季姓为元人（今蒙古族）所杀。现有标里集东边的段庄的前身就是当时的季家楼，集东北的季家洼可证。

清咸丰二年（1853年），由于灾荒严重，兵荒马乱和晚清政府的残酷压迫和剥削，以张乐行为首的农民起义军（当时叫捻军）不甘忍受，揭竿而起，在标里响应捻军的有邓老洪、邓敦伦、王怀义等人，后因太平天国运动失败而被清朝政府残杀。邓老洪、邓敦伦、王怀义的义举行为触犯了当时统治阶级的利益，且他们三人又都是标里人，当时的统治者就对标里人怀恨在心，为达到泄愤之目的，特把“标里”字样改成为“彪狸”字样，以此来侮辱标里人。

清朝光绪年间，在行政设置上，“彪狸”转变为双大寨行政管理机关为寨长制，民国19年（1930年）改为保甲制，“彪狸”划为八个小保，保下设甲，甲编五户连座，民国21年（1932年），“彪狸”设立联保办公处，民国28年（1939年）日本侵占后改为乡镇制。

1948年，“彪狸”铺正名为标里铺。

1949年2月份前，标里属涡亳县管辖。

1949年2月，中共中央“关于在全国解放区调整行政区划恢复原边旧界的措施”下达后，撤销涡亳县，标里属涡阳县所辖。

1949年3月成立花沟区（办公地点设在标里），辖标里、徐庙、新德、何庙、王桥、邓楼、大王、张集、花沟、石雁10个乡。

1950年区划调整，花沟区由原来的10个乡调整为13个乡。

1956年并区、并乡，由原来的13个乡合并成8个乡。

1957年2月再次并乡后，标里区辖标里、新德、黄古同、孙店、临湖5个乡。

1958年10月至1961年12月，涡阳县撤区设社，成立标里人民公社，辖新光、晶华、华光、花光、新桥、红旗、洪山、永兴8个大队。

1962年1月涡阳县建区划社，建立花沟区（办公场所设在标里），辖花沟、孙店、黄古同、姜大、新德、标里6个人民公社。

1969年3月撤区划社，成立标里人民公社，辖16个生产大队。

1979年8月，撤社建区，成立标里区，下辖7个公社。

1981年，涡阳县设立公吉寺区，同年7月，将姜大公社划归公吉寺区。

1983年5月体制改革，社改乡，标里区所辖的6个公社改为6个乡。

1992年2月撤区并乡，成立标里乡，原标里区所辖的花沟乡成为独立的花沟大乡，孙店、郭营划归临湖镇管辖，标里乡辖原来的标里、新德、刘竹3个小乡，38个行政村。

1993年底，根据工作需要，将王寨村并入唐大村，宿小村并入张大村，解散柿王村，调整后，标里乡辖35个行政村。

2002年4月，标里乡撤乡设镇，标里乡改为标里镇。2005年5月合并村，标里镇所辖的35个村合并成18个村民委员会，一个居委会。

2008年再次合并村，标里镇下辖15个村委会，一个居委会，105个自然村；其中标里、新德为两个集市。