周朝春秋战国时期，今四川地区由蜀与巴两支部族建立蜀与巴两个奴隶制国家，蜀郡在今乐山处建南安县，在今宜宾处建焚道县。马边分属这两县。

汉承秦制。汉武帝建元六年（前135年），唐蒙通西南夷，析巴蜀二郡南部建犍为郡，稍后，汉析蜀郡西南部建越西郡。现马边地区位于当时犍为、越西两郡，南安、焚道、卑水三县的结合部。处于马边河水系中下游的马边北中部和沐川县属南安县管辖。处于马边河上游的马边西南部属卑水县所辖。处于金沙江水系的马边东部属焚道县管辖。

蜀汉，黄茅岗山脉以东的小凉山地区新设三县，即在今屏山县新市镇处建安上县，在雷波县黄螂处建马湖县，在今马边县境建新道县。

西晋惠帝永安元年（304年），整个四川“半为僚据”，焚道南安亦为“夷僚所侵”，越西也成“僚郡”。马边亦“没为夷僚”。

隋唐宋王朝对少数民族实行羁縻州统治，马边属于其中的驯骋两州地。

唐初，马湖部彝族首领董嘉庆被唐朝廷封为归义郡王。

宋代，四州演变为三十七部，仍总称马湖部，彝族首领董春惜自称三十七部王子。马湖部属梓州路叙州府，成为叙州三路蛮（马湖、横江、南广）之一。而马边西部，则属于另一个彝族虚恨部所辖。

至元二十五年（1298年），元朝把赖因、荣丁、利店、沐川、笼篷五寨划归马湖路。至此，马边隶属于叙南等处宣抚司马湖路沐川长官司。

明朝承袭元朝土司制度，四川行中书省更名为四川承宣布政使司，简称行省或布政司。撤叙南等处宣抚司一级政区。马湖路更名为马湖府；府下，夷都长官司并入沐川长官司，平夷长官司并入蛮夷长官司。马边在明朝领属线索为：四川布政使司→马湖府→沐川长官司→赖因乡和荣丁乡。

明代万历十七年（1589年），今马边县地属安边厅，与沐川长官司脱离隶属关系，但仍为马湖府所辖。随着新乡镇和烟峰两地建城，又建军事组织“马边营”，列兵二千，设守备。马边之名由此出。

清初，留马边营裁安边厅同知。雍正五年（1727年），清朝将马湖府并入叙州府。居马湖府治的屏山县（仍为明万历十七年所建）管理马湖府地，马边遂属叙州府屏山县。

民国元年（1912年）废府建道，马边厅属于下川南道（道治今泸州市）。

民国3年（1914年），又将下川南道更名为永宁道，领县25；马边厅亦更名为马边县。

民国23年，马边又隶属于21军防区。

1949年12月至l950年8月，通过反复斗争，马边解放，成立马边县人民政府。马边县属川南行署乐山专区管辖。

1984年改为马边彝族自治县。

1997年，马边彝族自治县面积2382.9平方千米，人口16.7万，其中汉族占63.8%，彝族占35.5%，辖1镇28乡：民建镇、劳动乡、建设乡、水碾坝乡、石梁乡、you坝乡、靛兰坝乡、民主乡、老河坝乡、下溪乡、荣丁乡、雪口山乡、温水凼乡、镇江庙乡、大竹堡乡、苏坝乡、烟峰乡、袁家溪乡、沙腔乡、三河口乡、二坪乡、涉水坝乡、瓦侯库乡、梅子坝乡、先家普乡、高卓营乡、白家塆乡、铁觉乡、永红乡。

2000年，马边彝族自治县辖2个镇、27个乡。根据第五次人口普查数据，马边彝族自治县总人口170425人。

2004年，马边彝族自治县辖2个镇（民建、荣丁）、27个乡（劳动、建设、水碾坝、石梁、荍坝、靛兰坝、民主、老河坝、下溪、苏坝、烟烽、袁家溪、沙腔、三河口、二坪、雪口山、镇江庙、大竹堡、温水凼、涉水坝、瓦侯库、梅子坝、先家普、高卓营、白家湾、铁觉、永红）。

2005年7月12日，四川省人民政府批准马边彝族自治县乡镇行政区划建制由原来的2个镇、27个乡调整为2个镇、18个乡。