君山区境，夏商为荆州之域。

春秋战国时期，属楚地。

秦朝，属长沙郡。

隋代，废郡为州，先后为巴州、岳州。

宋朝，改岳州为纯州。

元朝，至元十三年（1276年），改岳州为岳州路。

明代，属巴陵县。隆庆四年（1564年），巴陵县湖洲属巡检司管辖，辖虾须渔泊所和艑山渔泊所；陆地部分属延寿乡穆湖村。这种乡、村与渔泊所并存的行政建置一直延续到

。

中华民国成立后，初属穆湖村；民国十八年（1929年），岳阳县划为乡镇，君山区境属穆湖镇；民国十九年（1930年），岳阳县划为9个区，君山区境属第八区；民国二十四年（1935年），设水益乡。

中华人民共和国成立后，于1950年建立君山乡；1952年土改复查结束，将君山乡划为龙新、三角、君山三个乡；1956年撤区并乡，将龙新、三角、君山三乡合并为君山乡；1958年8月，君山乡转为君山人民公社；1958年10月，中共岳阳县委、县政府将将整个河西地区合并为一个大人民公社，仍称君山人民公社；1959年6月，君山公社分为两个公社，原广兴洲地区为广兴洲公社，新围垦区为君山公社；1960年4月，君山公社转为“岳阳县地方国营君山农垦场”；1961年4月正式转为“湖南省国营君山农场”；1966年12月26日，更名为“东方红农场”；1968年9月24日，恢复“国营君山农场”原名。

1996年3月，经国务院批准成立的县级君山区；1998年11月、2000年9月先后与原国营君山农场、钱粮湖农场合并。