仙女镇至今已有2100多年历史，明末清初始称仙女镇，解放后几经调整，1966年5月改称江都镇，从2000年4月起，原砖桥镇、张纲镇、双沟镇相继并入，2005年5月再次更名为仙女镇。

仙女镇汉朝时名蔡家庄，元朝时称黄塘，明末清初始称仙女镇。《后汉书郡国志》等史籍载有杜康二女在此得道升仙的传说，“仙女庙“因此而得名。一度时期，成为苏中、苏北最大的木材集散地和著名米市。仙女庙、大圣庙、禹王宫等建筑闻名遐迩。

1966年5月18日，仙女镇改名为江都镇，

1994年7月，江都县撤县设市，江都镇为市直属镇。

1995年3月，正谊乡境内4个村划入；2000年4月，原砖桥镇整区划归江都镇；2001年9月，原张纲镇并入江都镇，2005年5月，双沟镇并入仙女镇，更名为现在的仙女镇。

从此，仙女镇为江都区、扬州市乃至第一大镇。

1988年7月被省政府批准为对外开放重点工业卫星镇，同年被省政府命名为“文明单位“，1992年被评为苏中综合实力50优乡镇，1994年以后又被命名为苏中百强镇，江苏省科技先进镇、文化先进镇、卫生镇、安全镇。2001年2月，被省委、省政府命名为“江苏省文明镇“。

曾先后荣获江苏省文明镇、卫生镇、科技先进镇、社会治安综合治理先进镇、综合经济实力百强镇、全国农村城镇综合发展“千强镇”等荣誉称号。2005年，全镇实现地区生产总值44.5亿元，农民人均纯收入6668元。