万苍乡以山命名，谷将山又名万仓山，有万仓谷堆之状，故名。古时为东阳县二十八都乡，驻地下庄(今名雅庄)。

民国28年(1939)，磐安设县时，为磐安县玉虹区合溪乡。

1949年，改名万苍乡。

1951年，分为斐湖、山宅两乡(山宅乡于1954年又分为山宅、周家两乡，1956年并入尚湖乡)。

1956年3月，原属四顾乡的楼界、秧田坑等村并入，复称万苍乡。

1958年，称灯塔公社万苍管理区(大队)。

1961年，为玉山区万苍公社。

1983年，磐安复县，称玉山区万苍乡。

1992年，撤区为县直属乡。