新石器时代晚期，华夏先人就在这里繁衍生息。后因地壳构造运动，这里沦陷为泽国。

唐宋时期，县境尚在浩渺洞庭之中，仅有寄山、明山、宋田山和太阳山浮峙水面。

清咸丰二年（1852年）六月，湖北省石首县藕池江堤溃决，因频年失修，至咸丰十年，长江洪水泛滥，夹大量泥沙从原溃口倾泻南奔，直灌洞庭。清同治末年（1874年前后），洞庭湖北部淤积若干洲渚，其中乌嘴和北洲南岸新淤一个狭长的湖洲，因地处北洲之南，当地群众称之为“南洲”。尔后洲渚淤积连片，形成

百里沃野，泛称“南洲”。随着南洲的形成，各地居民纷迁麋集，围堤开荒，世代相息。是时分属华容、岳阳、汉寿、沅江、安乡、常德六县管辖。光绪二十一年（1895年），湖南巡抚吴大澄奏本清廷获准，划割六县交界之地，在境内乌嘴设置“南洲直隶厅抚民府”，光绪二十三年（1897年）迁置九都。

民国二年（1913年）十月，湖南都督府下令撤销南洲厅，改称南洲县，民国三年六月八日又根据内务部复电转令，将南洲县更名为南县。

新中国建国之初，南县划归常德地区，1962年12月，改属益阳地区，1994年7月后属益阳市（地改市后）。