1906年（清·光绪三十二年）9月1日，清朝政府在崇右尔库站（今三站）设置大通县。隶属吉林省依兰府管辖。张熙为首任知县。

1909年（清·宣统元年）4月1日重新勘界，大通县隶属黑龙江省管辖，县衙迁至岔林河口现通河镇。

1914年（民国3年）5月15日，根据北京政府内务部通令，黑龙江省大通县改为通河县（因与甘肃省大通县重名）。县名延用至今。

1932年4月29日，日本关东军61炮舰联队侵占通河，驻通守军—黑龙江边防军第三旅步兵第五团与日本侵略军激战七昼夜，三战通河城，团长吴凌汉、副团长张兴华等爱国官兵在保卫通河城中英勇牺牲,在得不到增援的情况下败退。5月4日，政府县长路克遵见守城无望、拒绝与日本人合作，烧毁县政府重要档案70余卷，弃官携县政府印章只身出城（夜晚骑马从通河镇东大门离开通河，下落不明），从此通河城陷落。日本人在通河成立“通河县公署”伪政府，从此统治通河，至1945年8月15日日本国政府投降，通河人民才结束日本人的黑暗统治。

1945年8月15日伪政府

倒台后，通河县由伪政权遗留下来的旧官吏及伪警察继续统治通河人民。

1945年8月20日，苏联红军在归国抗联人员的带领下进驻通河，扶持由伪官吏及警察组成的“通河县临时地方治安维持会”。局势稳定后苏军留下一个通讯班驻通河。

1946年2月6日，由中国共产党领导的八路军三五九旅七一八团及松江地区部队进驻通河县城乡。至此通河县解放，通河县人民获得自由。中共中央东北局北满分局书记、吉黑军区政委陈云（中央政治局委员）、吉黑军区司令员高岗（中央政治局委员）及中共松江省、松江军区的领导随大军进驻通河县，中共北满分局北满军区机关及中共松江省委、省军区机关随后进驻通河城办公。

1946年2月7日，中共通河县委、县民主政府成立。隶属中共合江省工委、合江省政府。

1946年4月下旬，中共北满分局，吉黑军区（北满军区）机关及松江省、松江省军区机关撤离通河进入哈尔滨。

1946年6月，通河县由合江省划归松江省管辖，中共通河县委、县政府隶属中共松江省委、省政府二分区（哈北）地委、哈北专员公署。

1946年8月，中共哈北地委、地行署撤消，中共通河县委、县政府由松江省委、省政府直接领导。

1949年7月，通河县民主政府改称为县人民政府。

1954年8月，松江省建制撤消，并入黑龙江省，通河县委、县政府隶属中共黑龙江省委、黑龙江省人民政府直辖。

1955年3月，通河县人民政府改称通河县人民委员会。

1956年3月，中共绥化地委、绥化专员公署成立，通河县委、县政府隶属于绥化地委、绥化专员公署。

1958年8月，通河县委、县政府隶属于松花江地委、松花江专员公署。

1960年4月，中共通河县委、县政府划归中共哈尔滨市委、市政府领导。

1965年8月，通河县划归松花江地区管辖。

1967年4月，经省革命委员会、省军区、松花江军分区批准，成立通河县革命委员会，取代了县委、县人民委员会的领导权。

1969年3月，根据中共中央指示，成立中共通河县革命委员会核心小组，开展党的工作。

1970年9月，通河县召开了第四次党代表大会，恢复了县委、但未设工作机构，仍于县革命委员会合属办公。

1973年6月，根据省委指示，恢复县委工作机构，县委及工作机构于县革委分设。

1980年9月，通河县召开了第八届人民代表大会第一次会议。会议取消县革命委员会，成立了通河县人民政府。

1996年11月1日，省政府办公厅下发《黑龙江省人民政府转发<国务院关于同意黑龙江省松花江地区与哈尔滨市合并的批复>的通知》，通知规定：“新组建的哈尔滨市体制自1997年1月1日起实行。”至此，通河县规划省会哈尔滨市管辖。