元初，万山始以行政区划的名称载入史册。

万山特区

元至十四年（1277年）置大万山苏葛办等处军民长官司（今高楼坪侗族乡郭家村万山司），辖及今万山镇和高楼坪侗族乡及铜仁市鱿鱼铺等地。黄道溪野鸡坪等处蛮夷长官司，治茅坡（今玉屏侗族自治县朱家场），辖境为今特区黄道侗族乡和玉屏、岑巩、镇远等3县的部分地方；施溪漾头长官司，治漾头（今铜仁市漾头区），辖及今特区下溪侗族乡和铜仁市漾头区。

明清时，万山辖地沿元未变，民国2年8月（1913年）设置省溪县，县公署驻万山城上街（今万山镇解放街）。

1949年，建立玉屏县第六区人民政府。

1950年改为区公所。

1958年12月29日，国务院批准撤销玉屏、江口县，并入铜仁县，万山随之划属铜仁县管辖。

二十世纪五十年代初，国家接管矿山之后，为满足经济建设的需要，曾先后组建和调集中国有色地质一总队、贵州冶金建设公司、贵州十九井巷公司、贵州汞矿等中央和省属县级企业集中在万山勘探开采。

1966年2月，为协调企业之间和企业与地方之间的关系，组织当地群众为企业生产生活服务，经国务院批准建立了国内最早的县级行政特区──万山特区。明确“万山特区的行政区划为现属玉屏县万山区的高楼坪、黄道、新庄三个公社和现属铜仁漾头区的敖寨公社，隶属贵州省铜仁地区”，同年5月1日建立万山特区人民委员会。

1970年8月8日，国务院批准，恢复万山特区。仍属铜仁地区。

进入二十世纪八十年代末，随着汞资源逐渐枯竭，汞矿生产日益萎缩，中国有色地质一总队、贵州冶金建设公司、贵州十九井巷公司相继撤离万山，贵州汞矿也于2002年5月实施政策性关闭破产。

2011年，改称万山区，隶属于铜仁市。同时启动了总面积30平方公里的“万山转型工业园区”，到2014年已入驻51家企业。

2014年底，万山区政府将搬迁到铜仁市的谢桥新区，这里将成为铜仁市经济发展的两翼，另外“一翼”是铜仁的碧江区。