商末，周太王古公亶父长子泰伯、次子仲雍为避免夺王位纠纷，从陕西岐山下的周原南奔至吴，在梅里（今无锡市梅村）建立政权，国号“勾吴”。黄埭属“勾吴”国。

周武王伐纣后，建立周朝，封泰伯五世孙周章为吴王。周敬王六年（前514年），阖闾即位，苏州城北有齐门，黄埭在齐门外西北30余里处。

周元王三年、吴王夫差二十三年、越王勾践二十四年（前473年），越国灭吴，吴地属越国，黄埭隶属越国。

周赧王九年、楚怀王二十三年（前306年），楚国灭越，设郡江东，吴地属楚国，黄埭归属楚国。

周赧王五十三年、楚考烈王元年（前262年），楚拜黄歇为相，封以淮北地，号春申君。楚考烈王二十二年（前241年），改封春申君于吴地。以土堰水筑成堰埭，名为春申埭，后称黄埭。

秦始皇二十六年（前221年），秦统一六国，在吴地设置吴县，黄埭属吴县。

武周万岁通天元年（696年），析吴县东部、北部置长洲县，黄埭隶属长洲县。

宣统三年（1911年）六月，成立黄埭乡（自治）公所，是年长洲县归并吴县。黄埭乡归属吴县。

民国元年（1912年）吴县编置市乡，划十二都归南北桥市。

民国3年（1914年）3月，撤销自治，黄埭乡公所改为黄埭公益事务所。

民国18年（1929年）8月，实行区、乡镇制，黄埭隶属吴县第十二区，区公所驻地黄埭。

民国23年（1934年）6月，黄埭隶属吴县第六区，区公所驻地黄埭。

民国26年（1937年）11月，日军侵占吴县，黄埭沦陷。

民国28年（1939年）3月，伪吴县知事公署划定乡镇区域，建立伪黄埭乡公所。

民国29年（1940年）12月，伪吴县政府奉伪江苏省民政厅令，恢复民国26年前区划，黄埭仍归属吴县第六区，区公所驻地黄埭。

民国30年（1941年）7月起“清乡”，伪吴县区划又作调整，黄埭隶属吴县第四区，区公所驻地黄埭。

民国34年（1945年）8月15日，抗日胜利，国民党吴县政府接收县地方政权。9月，各区、乡镇名称与界限仍恢复至民国26年前状况，黄埭仍属吴县第六区，区公所驻地黄埭。

民国36年（1947年）2月，吴县并编区、乡镇，黄埭为黄埭区，区公所驻地黄埭。

1949年4月27日，吴县解放。5月1日，吴县人民政府宣告成立，驻浒关镇。黄埭区人民政府同日成立，区政府驻地黄埭镇。是年冬，废除保甲，改建新乡，以5万人为一区，以5000人左右区域为一乡，乡下建行政村、组，全县共8区143乡。

1954年11月，黄埭镇升为县直属镇。

1956年3月，黄埭区和陆墓区合并为黄埭区，区公所驻地黄埭。黄埭、陆墓仍为区属镇。

1957年3月，采用以集镇为基点，以农业合作社为基础，及整乡整社合并的方式，8月撤区并乡。建黄埭乡，乡政府驻地黄埭镇。

1958年9月24日，黄埭人民公社成立，改乡为社。公社驻地黄埭镇。黄埭市镇隶属黄埭公社。

1962年9月，黄埭、东山由公社镇升为县属镇。黄埭镇为吴县五大镇之一（浒关、木渎、甪直、黄埭、东山）。

1969年年初，唯亭、黄埭、甪直和东山等4个县属镇仍并入各镇所在地公社。

1983年7月实施体制改革，政社分立，建立乡、村、组。撤黄埭人民公社，建立黄埭乡人民政府。

1992年7月24日，撤黄埭乡，建立黄埭镇人民政府，实行镇管村体制。

2001年2月28日，撤吴县市，分建苏州市吴中区、相城区。黄埭镇隶属苏州市相城区。

2006年6月，原东桥镇和黄埭镇合并成立黄埭镇。