索科特拉岛曾经与大陆相连，在大约600万年前，印度洋与阿拉伯海连接处曾发生过强烈的地壳运动，随着海底火山岩的隆起，索科特拉岛与大陆分离，亚丁湾也逐渐形成。

早在远古时代，古印度人就不断到这个岛上获取乳香、龙胆、龙血树、没药、芦荟、麝香猫、龙涎香等珍贵药物，他们把这个岛称之为“幸福岛”。岛上曾发现公元前4000～前3000年石器文化古迹。

古埃及第十二王朝处于兴盛时期，埃及法老经常派人到这座岛上收集珍贵药物，重点购买岛上的乳香，为制作木乃伊之用。据说，当时乳香的卖价高于黄金。古埃及人称这座岛为“班赫”岛，意为神奇岛。公元52年，岛民在圣多马的指引下皈依基督教。

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13世纪，希腊最著名的草药专家德尤斯古里德斯对这座岛上的珍贵药材进行了专门研究，并在他的著作中加以记载。后来，他们又把它称为索科特拉岛，意为“远方的市场”。

1507年，葡萄牙人来到岛上，帮助岛民摆脱了阿拉伯半岛上伊斯兰教国家的控制，同时将岛作为葡萄牙的军事基地，一方面对也门哈达拉毛省希赫尔等地进行侵略，另一方面为来往于红海与印度洋的葡萄牙舰只提供服务。4年以后葡萄牙人离开该岛，1511年岛民沦为马赫里苏丹国(Mahra Sultanate)的臣民。

马赫里苏丹国(Mahra Sultanate)统治该岛和现也门东部地区。

1834年，该岛一度归东印度公司管辖。1886年，英国把触角伸到这里。他们先提出廉价购买该岛，将它并入大英帝国的版图，但这一企图遭到也门当地苏丹王的拒绝。于是，英国殖民军便武力占领该岛。此后，英国人把该岛作为海军禁区，同马赫里苏丹国(Mahra Sultanate)一道归入英国保护，成为英国在印度洋上的重要基地，直到20世纪70年代初英国结束对南也门的殖民统治为止。

1967年，苏丹国覆灭，索科特拉岛随南也门独立，成为也门的一部分。

后苏联舰队曾驻扎此岛，又把它变为苏联在中东的海军基地。20世纪80年代末苏联解体后，舰队从索科特拉岛撤走。

2011年，索马里海盗利用索岛作为燃油储存基地，以增加航行时间。