我单位采购A公司原材料10000万吨，A公司已开具增值税专用发票，货款已经全部支付。我单位与B运输公司达成协议，运费每吨300元，按实际运到数量开具运费发票，另：实际运到数量与装货数量偏差率超过1%按照原材料价格（1000元/吨）赔偿，本月收到运输公司赔偿款20万元，问20万元赔偿款需要做进项税转出吗？

　　根据《增值税暂行条例》第十条第二款规定：“非正常损失的购进货物及相关的应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。”而《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定：“非正常损失是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。”如果运输公司实运数量与装货数量的偏差是管理不善造成的，则属于非正常损失应作进项税额转出处理。但收到的赔偿金不作进项税额转出处理。

　　仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。