国税发[2005]129号规定：“在政策规定的减免税期限内，向主管税务机关提出书面申请”，表明纳税人可在减免税期限内任何时间提出申请，如软件企业“两免三减半”，由于未及时申请，而获利后第三年提出申请，由于未规定受理的截止日期，能追溯申请前两年的减免呢？如只能追溯申请上一年，而未规定受理的截止日期，难道可等汇缴后再申请减免再退税吗？

　　《国家税务总局关于印发<税收减免管理办法（试行）>的通知》（国税发【2005】第129号）第七条规定，纳税人依法可以享受减免税待遇，但未享受而多缴税款的，凡属于无明确规定需经税务机关审批或没有规定申请期限的，纳税人可以在税收征管法第五十一条规定的期限内申请减免税，要求退还多缴的税款，但不加算银行同期存款利息。

　　《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

　　据此，如贵单位要申请的减免税属于无明确规定需经税务机关审批或没有规定申请期限的，则多缴纳的税款可以按照《中华人民共和国税收征收管理法》的规定申请退还。

　　仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。