土地增值税中关于普通住宅与非普通住宅核算的问题，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）中提到，应分开核算，否则不能适用普通住宅之免税规定。但是在实务中，经常会碰到普通住宅增值为负数，非普通住宅为正数的情况。法理上讲，纳税人可以放弃免税之优惠合并按非普通住宅计算缴纳土地增值税，但地方税务机关都强制要求分开，不予合并抵减负数，是否合理？

　　普通住宅与非普通住宅分开核算是土地增值税清算的一项基本要求。

　　《土地增值税暂行条例》第八条规定，有下列情形之一的，免征土地增值税：（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20％的。……

　　在此基础上，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第十三条规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。

　　此后，《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）提出，纳税人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，应分别核算土地增值额。

　　《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

　　根据上述规定，普通住宅与非普通住宅分开核算是有其政策目的的，一是可以对普通住宅给予适当优惠，鼓励普通住宅建设；二是对非普通住宅更好地发挥税收调节作用，以免不分开核算影响土地增值税的调节力度。此外，纳税人在向规划、建设、税务部门报送“报建”项目时，并不能预计普通住宅的增值率为负数，如果允许混算，将加大纳税人税收筹划空间。