生物氧化是指利用细菌对包裹目的矿物（或元素）的非目的矿物进行氧化，被氧化后的非目的矿物以离子状态进入溶液中，溶液被丢弃处理，而目的矿物（或元素）或被解离，或呈裸露状态仍留存于氧化后的渣中，待进一步处理提取有用元素的过程。如细菌对含有金、银的黄铁矿、毒砂等矿物的氧化，即属于生物氧化。