生态系统结构与功能的变化
近十几年来，由于实施了天然林资源保护、退耕还林、三北和长江流域及沿海防护林体系建设、全国野生动植物保护及自然保护区建设等重点工程，森林资源保持了持续增长，森林覆盖率从新中国成立之初的8.6％增加到目前的18.21％。然而，自从20世纪60年代开始，中国草原生态系统出现退化，目前90％左右的草原存在不同程度的退化、沙化、盐渍化、石漠化。据估计，中国40％的重要湿地面临严重退化的威胁，特别是沿海滩涂和红树林遭受严重破坏。
物种受威胁状况
1998年出版的《中国生物多样性国情研究报告》，估计中国物种的受威胁程度哺乳类为23.06％、鸟类14.63％、爬行类4.52％、两栖类2.46％、鱼类2.41％、裸子植物28％、被子植物13％左右。据2004发布的《中国物种红色名录》估计，中国野生动植物濒危状况远比过去的估计高，特别是植物的濒危物种比例远远超出过去的估计。近20～30年来，中国海洋底层和近层鱼类资源衰落，产量下降，渔获物组成低龄化、小型化和低值化。
遗传资源丧失情况
中国生物遗传资源丧失十分严重。例如，20世纪50年代，中国各地农民种植水稻地方品种达46000多个，至2006年，全国种植水稻品种仅1000多个，且基本为育成品种和杂交稻品种。20世纪50年代，中国种植的玉米地方品种达1万多个，到目前生产上已基本不用地方品种了。另外，农作物野生近缘种的分布范围也不断缩小，中国野生稻原有分布点中的60～70％现已消失或大面积萎缩。