案件在由公安机关侦查终结以后，证据上要充分，事实上要清楚，针对应当起诉的案件应当制作《起诉意见书》，连同查明的案件事实以及整理的案件证据一起提交给同级人民检察院，人民检察院会审查决定是否起诉。对于事实查清后认为不用追究责任的，按照规定的手续结案即可。

很多时候，我们大众在影视剧以及相关新闻报道上了解的都是公安机关侦查的方式以及手段，但是很少了解侦查终结这一个阶段。侦查终结是指侦察机关将自己已经立案侦查的案件，经过一系列侦查，已经将案件情况梳理清楚，并且已经形成了确凿的证据，证据之间已经形成了一条强有力的证据链来证明案件情况。根据《刑事诉讼法》的规定，依据查明的情况，已经有足够的证据对案件送请检察院起诉，或者是案件查清以后决定不起诉、将案件撤诉等都可以是侦查终结的结论。

要想将案件终结，必须要满足三个条件：

1、案件事实已经查清;

2、相关证据已经完备，证据确实、充分;

3、法律规定的程序已经完成，相关手续已经准备完成。譬如，需要起诉的案件已经制作《起诉意见书》并已经将《意见书》和本案的相关案件材料一起送到与侦查的公安机关同级别的检察院。

根据《刑事诉讼法》的规定，侦查完毕以后，公安机关认为案件需要提起诉讼的，除了要将相关材料移送给人民检察院以外，还需要将案件的移送情况通知犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人请了辩护律师的，还需要将移送情况告知辩护律师。

案件侦查终结，认为不应该追究该名犯罪嫌疑人的犯罪情节的，应当将案件撤销，已经被公安机关逮捕的犯罪嫌疑人必须立即释放，并且告知理由，并将该情况通知检察院。

案件的侦查权并不仅仅掌握在公安机关的手中，我们国家的安全机关也享有侦查的权利，国家安全机关有权查询危害国家安全的相关案件。人民检察院的自侦权经过《监察法》的修改，仅仅保留了一部分侦查的权利在检察院手中，法律规定的针对贪污贿赂的侦查权利已经被删除，相关规定以《监察法》为准。

综上来说，案件在由公安机关侦查终结以后，证据上要充分，事实上要清楚，针对应当起诉的案件应当制作《起诉意见书》，连同查明的案件事实以及整理的案件证据一起提交给同级人民检察院，人民检察院会审查决定是否起诉。对于事实查清后认为不用追究责任的，按照规定的手续结案即可。