对刑事案件决定不予起诉的主体是人民检察院，而此时案件通常也还处于审查起诉阶段。根据《刑事诉讼法》中的规定，作出不予起诉决定之后，案件自然不会到法院，因此就不会涉及到法院如何处理的问题。但要是案件是法院允许检察院撤回起诉之后，检察院又决定不予起诉的，这样的情况下其实也与法院无关，不需要法院处理什么。

一、法院对检察院不予起诉后怎么处理

依照刑事诉讼法的规定，不起诉的决定书应当公开宣布，同时应当将不起诉决定书分别送达下列机关和人员：

1、被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押的，应当立即释放。

2、 对于公安机关移送起诉的案件，应当将不起诉决定书送达公安机关。

3、对于有被害人的案件，应当将不起诉决定书送达被害人。

相关法律规定：

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十二条规定： 犯罪嫌疑人有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

因此，不起诉是检察院在案件还没有起诉到法院前，审查起诉过程中以职权作出的决定，无须法院如何处理。有些案件是法院作出允许检察院撤回起诉的裁定后，检察院又作出不起诉的决定的，也与法院无关了。

二、不予起诉会有案底吗

被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：

1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。

2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。

《刑事诉讼法》

第一百七十三条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

第十五条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

(二)犯罪已过追诉时效期限的;

(三)经特赦令免除刑罚的;

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。

刑事诉讼阶段主要有五个，包括立案阶段、侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段以及执行阶段。每个阶段有不同的司法机关负责，而是否对刑事案件提起公诉，这个决定权在人民检察院，若检察院决定不予起诉，那么案件就不会进入到审判阶段，自然也就与法院无关。