补充侦查两次证据不足的话人民检察院会作出不起诉的决定，公安机关应当撤销案件并解除羁押。因为刑事诉讼法当中规定的公安机关可以补充侦查的机会就只有两次，证据不足自然就无法完成对犯罪嫌疑人的定罪，也能说明有可能公安机关所羁押的犯罪嫌疑人确实不是真正的案犯。

一、退回补充侦查两次证据不足怎么办

补充侦查以二次为限，二次补充侦查后，仍证据不足不符合起诉条件的，检察院可以决定不起诉，公安机关应该撤销案件，解除羁押。

根据《刑事诉讼法》第一百四十条规定：

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

二、审查起诉阶段的补充侦查

1、补充侦查的形式。根据刑事诉讼法第140条第2款的规定，人民检察院审查起诉的案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查;也可以自行侦查，必要时可以要求公安机关提供协助。

2、补充侦查的期限和次数。根据刑事诉讼法第140条第3款的规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。这既指退回公安机关补充侦查的案件，也包括人民检察院自侦案件中决定退回补充侦查的案件。

3、经过一次退回补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。如果案件经过两次退回补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。

三、法庭审理阶段的补充侦查

(1)根据刑事诉讼法第165条的规定，在法庭审判过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，提出延期审理建议的，合议庭应当同意。人民检察院应当自行侦查，必要时可以要求公安机关提供协助。根据最高人民法院《解释》第157条规定，对公诉人在庭审过程中发现案件需要补充侦查而提出延期审理建议的，合议庭应当同意。但一该建议以两次为限。

(2) 根据最高人民法院《解释》第159条规定，合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料没有这方面的证据材料，应当建议人民检察院补充侦查。根据人民检察院《规则》第252条规定，人民检察院应当审查有关理由，并作出是否退回补充侦查的决定。人民检察院不同意的，可以要求人民法院就起诉指控的犯罪事实依法作出裁判。

综上所述，将案件退回进行补充侦查主要还是因为证据不够，不能对嫌疑人进行起诉，所以如果在两次补充侦查过后还是没有搜集到充分证据进行定罪的话，那么就应当立即释放嫌疑人，没有权利再进行羁押犯罪嫌疑人了。