审查起诉阶段申请证人的权利有：安全保障权、充分陈述权、核对笔录权、证件知悉权、侵权控告权等。人民检察院应当保障证人及其近亲属的安全。对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复，应当追究刑事责任或者应当给予治安管理处罚的，移送公安机关依法处理。

一、审查起诉阶段申请证人的权利有哪些?

1、安全保障权

人民检察院应当保障证人及其近亲属的安全。对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复，应当追究刑事责任或者应当给予治安管理处罚的，移送公安机关依法处理。

2、充分陈述权

人民检察院必须保证证人有客观地充分地提供证据的条件，除特殊情况外，可以吸收证人协助调查。

3、核对笔录权

询问证人笔录应当交证人核对，如果记载有遗漏或差错，证人可以提出补充或者改正。

4、证件知悉权

侦查人员询问证人，必须出示人民检察院的证明文件。

5、侵权控告权

证人对于检察人员侵犯公民诉讼权利和人身侮辱的行为，有权提出控告。

二、关于证人和鉴定人的区别主要有以下几点：

(一)在资格条件上，鉴定人有严格的资格要求，必须具备相关的专门知识和技能;而证人的资格要求只是具备辨别是非的能力和正确表达的能力，即使证人有生理缺陷和精神缺陷或者年幼，均可出庭作证。

(二)在可否替代上，证人是就其亲身感受的案件事实向法庭作证的人。证人的基本特征就在于证人的不可替代性，这是由案件事实本身决定的，既不能由法院指派或聘任，亦不能随意替换;而鉴定人并非由案件事实所决定，其从事鉴定活动是受法院指派或聘请，因此，鉴定人是可以替换的。

(三)在能否回避上，证人不得以与案件处理结果之间的利害关系而申请回避，而鉴定人如果有回避事由，必须执行回避的规定。

(四)在询问规则上，对证人的询问应遵循个别和隔离的原则，证人不能了解案情;而鉴定人可以了解案情，对疑难复杂情况，可以由多个鉴定人相互商量形成最终的鉴定结论。

(五)在发表的意见上，证人只能就其所知悉的案件事实陈述意见，而不能发表自己根据这些事实得出的结论和意见。但是鉴定人作为专家不受此项意见规则的限制。

(六)在出庭义务上，证人出庭作证是一项普遍性的诉讼义务，一般不能拒绝，而鉴定人有正当的理由，可以拒绝接受法庭的指派或聘请，可以不出庭接受质证而只提供书面鉴定意见。

审查起诉阶段，证人的作用是非常重要的，涉及到证人的证词和相关证据的提供可以有效的对相关犯罪事实进行合法认定，需要明确的是，证人可以依法享受司法司法机关提供的各项权利，但也必须履行证人的相关义务，如果发现评价作伪证的，则需要追究相关人员的法律责任。